肝功能检查可以反映肝脏有无活动性炎症，不能查出脂肪肝。脂肪肝的诊断是多方面结果综合评定，包括肝脏彩超或者CT，了解有无脂肪肝的影像学表现，要进一步查血脂、肝脏弹性扫描。肝脏弹性扫描是对肝脏的脂肪浸润有一个初步数值判定，若血脂也升高，多考虑脂肪肝。
同时，也要进行肝功能检查，如果影像学和肝弹性扫描提示脂肪肝，但是肝功能正常，称为单纯性脂肪肝。如果影像学和肝弹性扫描提示脂肪肝，肝功能也出现异常，例如谷丙转氨酶和谷草转氨酶升高，称为脂肪性肝炎。患者必要时进行肝穿刺活检，了解肝脏脂肪浸润的程度，可以作为诊断脂肪肝的金标准。