南五味子和北五味子它们的区别主要有，一般生在华南、华北、湖北、湖南、江西、四川等地的是南五味子。如果是生长在河北、辽宁、吉林、黑龙江等地的则是北五味子。
它们之间的功效也有区别，南五味子功能主治为收敛固涩、益气生津、补肾宁心，可用于久嗽虚喘、梦遗、滑精、遗尿、尿频、久泻不止、自汗、盗汗、津伤口渴、内热消渴、心悸失眠等症。北五味子功能主治是收敛固涩、益气生津、补肾宁心，可用于咳喘、遗精、久泻、自汗、盗汗、心悸、失眠等症。
它们的功效比较类似，主要区别在于北五味子用于消渴治疗比较少，而南五味子经常可以用于消渴和治疗内热。