在人体好发结石的两大部位，主要是肝胆系统和泌尿系统。肝胆系统结石的形成，主要是因为胆汁酸与胆固醇溶解失平衡，从而导致胆固醇形成单向水晶在胆囊壁析出，进而形成结石，引发急性和慢性胆囊炎，严重时甚至会引起胆源性胰腺炎。
肾结石主要是草酸盐与钙离子结合，形成草酸钙结晶形成结石，可引起泌尿系堵塞，导致肾区叩击痛、尿频、尿急、尿痛甚至尿路感染症状。柠檬含有丰富的维生素C以及柠檬酸盐，对胆囊结石的形成不起到抑制作用，对胆结石的患者没有直接的治疗作用。
而其中含有的柠檬酸盐，可以防止钙盐结晶，对于肾结石能够起到减少，甚至让肾结石不再产生，柠檬对肾脏结石的治疗有一定的作用，而对胆结石起不到治疗作用。