由于甲状腺疾病包括的是比较多的，每种疾病的原因都是不同的。甲状腺疾病当中的单纯性甲状腺肿，可能是缺碘、缺硒或者碘过多、先天性因素或者是吃的食物，都会促进单纯性的甲状腺肿。甲状腺功能亢进引起的原因可能是免疫功能、遗传因素、环境因素，这三个因素都参与其中。甲状腺功能减退症也是自身免疫性的、药物性的，还有一个是放射性碘治疗后、有手术后等一些原因，都可能造成甲状腺功能亢进。还有亚急性甲状腺炎，如感染、遗传、自身免疫都参与其中，都可以引起来。慢性淋巴细胞性甲状腺炎也是遗传、环境、自身免疫的因素，都可能造成慢性淋巴细胞性甲状腺炎。甲状腺结节及甲状腺肿瘤引起来的原因可能是增生，也可能是肿瘤性的，也可能是囊肿，也可能是炎症性的结节。甲状腺疾病，包括单纯性甲状腺肿、甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退症、亚急性甲状腺炎、慢性淋巴细胞性甲状腺炎、甲状腺结节及甲状腺肿瘤，每种疾病的引起的病因是不同的。