淋菌性直肠炎可以以抗菌消炎为主，使用抗革兰阴性菌的药物或广谱的抗生素，来进行治疗。因为淋菌性直肠炎，往往是由于一些感染导致，可以给药途径有口服、肌内注射、静脉点滴和保留灌肠四种。口服药比如说氟哌酸片、红霉素片、土霉素片、左氧氟沙星片等等；肌内注射的药物，比如头孢三嗪、壮观霉素；静脉点滴的药物，比如庆大霉素、氨苄青霉素、左氧氟沙星；保留灌肠，就可以用庆大霉素或左氧氟沙星，也可以用头孢三嗪或壮观霉素每天进行保留灌肠，可以每天进行1次或2次都可以。