恩替卡韦分散片是乙肝标准的抗病毒药物，抗病毒作用疗效较好，但仍然存在一些副作用或者缺点，副作用主要是低磷血症、骨质疏松，以及乳酸酸中毒和肾功能的损害。
如果患者在长期口服恩替卡韦后出现肾功能损害或者骨质疏松，需要换用替诺福韦或丙酚替诺福韦进行治疗，丙酚替诺福韦的抗病毒疗效和恩替卡韦相当，但几乎没有肾脏以及骨方面的副作用，大部分患者口服较为安全，可以长期服用。抗病毒药物通常使用的疗程较长，部分患者例如有肝癌或者乙肝、肝硬化的患者，需要终身服用，因此要注意监测药物相关的不良反应。