前列腺液检查是否疼痛以及疼痛的程度，与个体对疼痛的敏感程度、临床医师按摩前列腺的力量，以及手法等多种因素有关。在做前列腺液检查的时候，需要由医师手指涂润滑油后轻轻插入肛门，然后按摩前列腺的各叶，取出前列腺液后送到检验科进行化验。在留取前列腺液的过程中，大多数的患者会感到肛门的胀痛不适，但基本都可以忍受，不会感到非常疼痛。
患者如果合并痔疮、肛门狭窄等疾病，在取前列腺液的过程中疼痛的程度可能会比较剧烈。另外，对于急性前列腺炎或者是生殖系统结核的患者，由于前列腺按摩容易引起菌血症，所以禁忌做前列腺按摩。