苦杏仁性味苦、微温，有小毒，入肺、大肠经，具有止咳平喘、润肠通便的功效。由于苦杏仁主入肺经，味苦降泄、肃降兼宣发肺气而能止咳平喘，是治疗咳喘的要药。临床中，可以治疗风寒咳嗽，常与苏叶、半夏同用。也可以治疗风热咳嗽，配合桑叶、菊花等同用。
也可以治疗肺热咳嗽，常与石膏、知母等药物同用。另外，苦杏仁还有润肠通便的功效，可以治疗肠燥便秘，常与火麻仁、郁李仁、当归等同用。另外，苦杏仁外用还可以治疗蛲虫病和外阴瘙痒等症状。