胃镜检查可以代替食管镜检查，胃镜检查的过程中可以看到食管的具体情况。胃镜检查是从鼻腔或口腔进入，先检查食道，再通过胃和十二指肠，所以胃镜检查时，对食管炎、胃炎、十二指肠疾病均有较好的甄别，可以进行取活检病理，无需再进行食管镜检查。
食管镜检查一般用于消化道侧壁的检查，仅适用于食管，而胃镜检查更全面，应用更广泛，多数单位选择胃镜更多一些，食管镜的应用目前比较少。