氯丙嗪的副作用初期表现为两大类，因为氯丙嗪阻断了H1受体，会导致过度的镇静和体重的增加。又阻断α1受体，会出现直立性的低血压。还阻断了胆碱能的受体，可能会出现口干、心动过速、便秘、视物模糊。往往这一类的不良反应随着时间的延长患者往往能够耐受，而且在对于某些静坐不能的患者，属于一个帕金森综合征。随着用药时间的延长，一部分患者能够耐受，另一部分患者通过口服抗胆碱能药物，如苯海索能够改善。有20%的患者可能会出现迟发性的运动障碍。比如急性的肌张力障碍、流涎，如果出现迟发性的运动障碍，副作用是不可逆的。而直立性低血压、心动过速、便秘、视物模糊，通过药物的减量，或者时间的延长，患者要么耐受，要么会有不同程度的好转。还有一部分患者可能会出现口干、便秘，通过大量喝水能缓解。还有一部分患者可能会极为罕见，有报道会出现阻塞性黄疸或者粒细胞缺乏等，出现这种情况需要减药或者是停药。