色甘酸钠治疗过敏性鼻炎的副作用，有鼻腔疼痛、灼热感、鼻干，甚至会出现鼻出血，色甘酸钠主要用于治疗速发型过敏反应，有着良好的预防和治疗作用，对于治疗过敏性鼻炎疗效良好。
色甘酸钠的作用机制是能够稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制组胺、5-羟色胺、慢反应物等过敏反应介质的释放，进而阻止过敏反应发生。在治疗期间，由于可以有效控制过敏性鼻炎的流涕、打喷嚏，所以长时间应用会引起鼻干、鼻部疼痛，甚至鼻出血，如果长期应用需要用温生理盐水冲洗鼻腔，红霉素软膏涂抹鼻腔，预防发生鼻腔黏膜的干燥和疼痛，甚至可以预防鼻出血。