复方酮康唑软膏主要用来治疗浅表的真菌感染类疾病，比如手癣、足癣、体癣、股癣等。由于复方酮康唑软膏成分里不单有最主要的抗真菌成分酮康唑，还有激素类药物丙酸氯倍他索，以及抗炎的硫酸新霉素。所以对于真菌感染，同时可能合并细菌感染的情况也可以选择使用。
在治疗的时候，部分患者可能会有刺激、灼热不适感，但是大部分耐受性都比较良好。在使用的时候，要注意尽量的避免接触眼睛。如果股癣患者，要穿宽松的内衣，尽量避免紧贴内裤，或者穿化纤的内裤，涂了药以后，穿这些衣物会起到封包的作用，局部反应会比较重，甚至长期使用，会引起不良的反应。