颅咽管瘤大多数位于鞍区，这个位置因为比较深，是处于颅底的中央部位，所以相对来说手术风险还是比较高的，手术需要有专门的神经外科医生进行操作。手术过程中可以应用显微镜，这样能够尽最大程度减少对于脑组织的损伤和牵拉，并且尽最大程度避免损伤周围的重要神经以及血管。这个部位有视神经存在，所以如果术中一旦损伤视神经，是可以导致视力下降和失明的。另外这个部位也存在颈内动脉和海绵窦，损伤以后会引起出血，从而危及到生命。此外也可以影响到垂体，导致术后的垂体功能低下等情况。并且手术以后局部可以出现水肿，引起颅内压增高，这些都是手术常见的风险和并发症。但是目前随着显微镜的使用，对于颅咽管瘤来说，现在的风险已经有所降低。