相当一部分颅咽管瘤，手术以后都会复发。虽然颅咽管瘤是一种颅内的良性肿瘤，但这种肿瘤大多位于颅底鞍区，因为肿瘤位置比较深在，肿瘤的瘤壁有很多钙化，切除困难；周围又有很多重要的神经结构，手术难度很大，基本上很难全部切除。
一旦手术中残留，手术以后难免复发，因此颅咽管瘤的术后复发率很高。颅咽管瘤复发率的高低，主要依赖于颅咽管瘤在手术当中是否能够全部切除。
这和颅咽管瘤本身的质地、位置、肿瘤大小、生长年限，以及手术室的条件和手术者的手术经验、技巧，都有很大的关系。