颅咽管瘤虽然是一种良性肿瘤，但是这种肿瘤的位置却是非常难以全部切除。经常会在手术以后复发，所以颅咽管瘤的预后，并不是特别理想。
颅咽管瘤生长比较缓慢，本身并不具备有侵袭性，一旦发现的时候，颅咽管瘤本身已经相当巨大，患者通常都会有严重的神经系统功能和症状。
因此如果能够顺利全部切除，不再复发，患者就能和正常人一样存活。如果没有全部切除术后残留，成人的生存期大约为5-10年，儿童的生存期约为20-40年。