卵巢囊肿是否影响怀孕要根据卵巢囊肿的性质而决定的，卵巢囊肿是妇科较为常见的疾病，根据卵巢囊肿的性质不同，临床上较为常见的有卵巢生理性囊肿、卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是卵巢巧克力囊肿，还有卵巢的炎性囊肿，而卵巢的上皮性肿瘤，比如浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等，在超声检查时也表现为卵巢的囊性肿物。
影响怀孕的卵巢囊肿是卵巢子宫内膜异位囊肿，卵巢子宫内膜异位囊肿是女性盆腔子宫内膜异位症的一种表现形式，子宫内膜异位症会造成严重的痛经和继发不孕症。由于盆腔形成致密粘连，导致输卵管运行受阻，另外子宫内膜异位病灶在盆腔内也起到抑制排卵等作用，因此会影响女性受孕，而卵巢的炎性也可能会影响怀孕，炎症会导致输卵管的粘连、梗阻，因此会导致不孕症的发生。