连花清瘟颗粒本身具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，一般比较偏寒凉，如果用药比较多或者平素脾胃功能就偏于虚寒，可能会出现腹痛、腹泻等不良反应。
连花清瘟颗粒一般多用于风热犯肺所引起来的风热感冒，或者热毒归肺所导致的流行性感冒等病症，出现了发热或者高热、怕冷、肌肉酸痛、鼻塞、流黄脓鼻涕、咳嗽、咳黄黏痰、头痛、全身酸痛、咽干、咽痛、舌红、苔黄或黄腻等病症时，可以用连花清瘟颗粒来进行治疗。在服用连花清瘟颗粒的同时不应该服用滋补性的中药，连花清瘟颗粒不适合风寒感冒的患者。