咪喹莫特，多数病人在治疗过程中没有任何的副作用。少数使用时可发生以下的副作用：用药后临床上可出现副作用，多为轻中度的局部皮肤炎症反应。如局部皮肤可能出现红斑、水肿、糜烂、溃疡、脱屑、灼热、疼痛、瘙痒等，偶有短暂的低热。以上症状停药后，均能迅速的恢复，如反应轻微可继续用药，若反应严重应及时停药并就医。据国外资料报道，与咪喹莫特乳膏可能有关的副作用包括：用药部位的不适，疣体部位的反应；还有远侧部位的反应；全身反应，疲劳、发热、流感样症状；中枢和周围神经系统；胃肠系统，腹泻；脊骨髓系统，肌痛等。