肥厚性心肌病会遗传。大部分肥厚性心肌病患者的病因是构成心肌细胞的主要蛋白质的基因突变。目前已知的5种蛋白质的基因异常是最常见的导致肥厚性心肌病的病因。大约占发病人数的一半，但是仍有约一半的病人未找到病因。遗传只是其中一个病因，而且遗传的概率也不确定。比如两个人有同样的基因问题，但可能一个人不发病，另一个人却患有严重的肥厚性心肌病。此外有许多的患者并没有家族史。对于有基因异常的儿童，其心肌受累的程度在成长过程中也无法预料，只能在成年前进行定期检查，如果成年期仍没有发现异常，发病的可能性就会比较小。