脊索瘤的位置比较深，大多数是位于颅底的深处，在斜坡以及颅颈交界的位置，所以这个位置的肿瘤手术是非常困难的。另外脊索瘤也会破坏骨质，导致出现骨质的缺损和变化，通过手术很难完全切除干净，所以对于脊索瘤，目前首选进行放射治疗。脊索瘤对于放射治疗是中度敏感的，通过放疗能够杀灭大部分的肿瘤细胞，延缓肿瘤的生长和发展。如果肿瘤已经出现压迫周围的脑组织或者脑干，以及重要的神经，可以考虑通过手术切除。手术虽然是无法完全切除，但是能够切除大部分的肿瘤，对于减轻压迫、延长生存期也是有很大帮助的。此外还可以做化疗以及通过中药来进行调理，同时应用对症的药物来缓解痛苦，改善生存质量。