目前检查和诊断脊索瘤主要通过CT和磁共振。X线检查目前并不作为诊断的依据，X线检查主要是用于筛查和发现的病变，如果有脊索瘤存在，那进行拍片检查的时候可以出现骨质的破坏。如果肿瘤位于鞍部或者后床突，以及斜坡和尾骨、骶尾骨的位置，都可以导致这些部位的溶骨性破坏，出现骨质的膨胀。另外可以出现骨破坏区域的边缘部分的硬化。此外部分的肿瘤破坏区还能够见到一些散在的斑片状的钙化影，当然单纯通过这些是无法确诊为脊索瘤的，还要进一步做CT以及增强CT，磁共振和增强磁共振检查。结合典型的症状病史，才能进行诊断。