脚趾甲增厚，如果伴有指甲的颜色的改变，首先需要排除灰指甲，也就是说要排除甲真菌病。对于这种情况，首先需要进行显微镜检测，看有没有真菌，如果真菌检测阳性，需要进行抗真菌的治疗，一般的可以口服伊曲康唑或者是特比萘芬等进行治疗。同时可以外用阿莫罗芬擦剂或者是阿莫罗芬乳膏，这样能够有效地杀死真菌。
如果真菌检测阴性，有可能是甲营养不良症或者是其他原因导致的厚甲症。对于这种情况一般是由于甲母质本身出现了营养功能的障碍而出现的情况，这时候可以外用的药物，可以使用多磺酸粘多糖乳膏或者是肝素钠乳膏外用于趾的根部。