脑炎的患者根据病情的轻重，可以出现不同的并发症。如果患者病情比较轻微，没有明显的并发症或者并发症很轻。如果脑炎患者病情比较危重，往往会出现明显的并发症，常见的并发症是患者会出现抽搐，这种抽搐往往是一种继发性癫痫，如果反复发作，可能会对患者的大脑皮层造成不可逆的损害，患者可能会出现智力的减低，或者继发性出现脑子萎缩。
还有部分患者会出现精神行为的异常，这类患者在疾病的治疗过程中随着治疗疾病的控制，精神症状也会得到相应的控制。脑炎的患者还会经常出现认知功能反应能力的下降，是脑炎比较常见的一种并发症。因此，脑炎并发症常见的有癫痫、精神行为异常，以及认知功能的减退，当然还会有其他的并发症。