衣原体性尿道炎是由衣原体感染引起，衣原体是一种比细菌小，比病毒大的微生物，为革兰氏阴性病原体，能通过细菌滤器，在细胞内寄生，有独特的发育周期。衣原体分为肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、沙眼衣原体和牛衣原体，导致人类泌尿系感染的衣原体常常为沙眼衣原体，病人发生衣原体性尿道炎时，会出现潜伏期，病人逐渐会出现尿频、尿急、尿痛症状，会出现尿道刺痒、尿道口分泌物，分泌物为稀薄分泌物。常常做革兰氏阴性双球菌检测时，不能找到革兰氏阴性双球菌，也称非淋菌性尿道炎，衣原体性尿道炎在非淋菌性尿道炎占30%-50%的比例。