对于乙肝小三阳，如果出现了肝炎的发作，就需要进行抗病毒及保肝治疗，一线的抗病毒药物包括恩替卡韦和替诺福韦以及丙酚替诺福韦。
丙酚替诺福韦是目前有效的抗病毒药物，并且它的副作用，也就是肾功能损害的副作用最小，但价格较为昂贵。对于乙肝小三阳肝炎发作者，口服替诺福韦能够有效的抑制乙肝病毒的复制，延缓肝纤维化、肝硬化的发展，并且降低肝癌的发生率。
除了抗病毒治疗外，还需要进行保肝治疗，保肝治疗的药物包括阿拓莫兰、易善复、美能等，能够有效的保护肝细胞，并且配合抗病毒治疗，能够使乙肝小三阳的发作快速缓解。