如果急性扁桃体炎治疗不彻底会反复发作，或者因为扁桃体隐窝引流不通畅，导致隐窝内的细菌、病毒等滋生、感染就有可能演变成慢性扁桃体炎。慢性扁桃体炎可以反复发作，可以出现长期低热、咽痛、咽部分泌物增多等现象，有些病人的慢性扁桃体炎还可以成为病灶性扁桃体而出现一些相关的并发症，如肾炎、风湿性关节炎、风湿热、风湿性心脏病等相关的疾病出现。慢性扁桃体炎发作以后可以选用敏感的抗生素进行治疗，比如青霉素类抗生素或者头孢类抗生素都可以。如果反复治疗不好或者一直有低热的现象，可以做扁桃体切除的手术以便彻底的清除病灶，完全治愈好疾病。