尖锐湿疣有多种治疗方法，每个患者应根据疣体的数目、大小、分布的范围、经济承受能力、副作用以及方便性而选择不同的方法。选择何种方法，可以参考以下几个标准：
一、单个疣体直径小于0.5cm，疣体团块直径小于1cm，疣体的数目小于15个，一般可用药物治疗。如外用鬼臼毒素酊、咪喹莫特霜、氟尿嘧啶软膏、50%的三氯醋酸溶液等。另外还有国内生产的复方鸦胆子液、酞丁胺霜等也可以选择；
二、特殊部位的尖锐湿疣，如男性的尿道内和肛周，女性的前庭、尿道口、阴道壁和宫颈口的疣体或者疣体数目和大小超过上述标准者，建议用物理方法，如激光、冷冻、微波，巨大型的可以手术切除。
不论有什么方法，必须做醋酸白试验，尽量清除周围的亚临床感染灶，以减少复发率。目前复发率比较少的方法是光动力疗法，如果经济条件许可，建议患者联合光动力疗法治疗，可以使复发率明显降低。