肠镜能够查到结肠炎和直肠炎，但小肠炎不能查到，小肠炎需要小肠镜或胶囊内镜检查。肠镜一般指纤维结肠镜，可以检查肛管、直肠、乙状结肠、横结肠、盲肠，这些部位的炎症、溃疡、息肉、肿瘤，都可以通过肠镜检查直观的观察到，并可以进行病理取材活检，以及给予肠镜下的微创治疗。
对于空肠、回肠及十二指肠下段无法检查，胃镜也无法显示，需要借助小肠镜或胶囊内镜检查来完成。胶囊内镜安全、方便，但无法行病理活检，当患者有腹部症状时，除胃镜、肠镜、小肠镜、胶囊内镜，还可以进行腹部CT、全消化道钡剂造影，对于比较严重的占位病变、胃肠腔外的结构组织，以及胃肠蠕动功能，都有比较好的辅助意义。