克罗恩病有一定的遗传倾向，是一种免疫功能紊乱导致全消化道多节段性病变的一种疾病，是炎症性肠病的一种，有一定遗传倾向。克罗恩病患者的一级亲属发病率显著高于普通人，患者的配偶发病率不增加，其发病率单卵双胞显著高于双卵双胞，所以从这些特点来看，克罗恩病存在一定的遗传倾向。
通过近年对基因方面的研究，部分基因突变与克罗恩病的发病有关，也证实了克罗恩病会有遗传的可能性。但是克罗恩病在白种人里面有明显遗传倾向，在黄种人中遗传倾向不是特别的明显，也就是遗传的可能性相对白种人比较小。克罗恩病除了有一定的遗传倾向之外，其发病还与环境因素，比如饮酒、吸烟、卫生的条件以及感染因素，比如肠道慢性的感染和免疫功能紊乱等因素有关。