手术可以对巧克力囊肿起到短暂的治疗。巧克力囊肿手术以后，需注射一些药物，戈舍瑞林之类的来闭经，起到防止复发作用，可以对巧克力囊肿短时的起到短暂治疗作用。一段时间以后，如果不再用药治疗，还会再复发，影响生育。所以这个病比较难治，属于子宫内膜移位症中一种，主要是内膜移位到卵巢，成了囊肿。要想治愈，除非绝经，否则生育年龄的卵巢巧克力囊肿，虽然治疗能够起到短时的作用，但是过了一段时间以后还有可能复发。以上内容仅供参考，具体用药、治疗请根据医生面诊指导为准。