阴道菌群失调主要是由于性激素水平低下而导致机体免疫力低下，容易受到细菌感染。另外，不当的用药和阴道冲洗，以及一些基础疾病等，也可能引起阴道菌群失调。阴道为性激素靶器官，受雌孕激素的影响，阴道也有其固定的菌群和微生态平衡，其中含量最高的菌群为乳酸杆菌，能够维持阴道内的弱酸性环境，抑制其他有害菌生长。
当女性在月经前后或者是更年期，性激素的水平都是比较低的，此时就会引起阴道内乳酸杆菌含量降低、阴毛黏膜脆弱，其他致病菌就会加速生长，引起菌群失调，诱发阴道炎症。另外，如果过度的阴道冲洗，尤其是使用药物冲洗或者使用有保健作用的阴道给药，都有可能造成阴道内乳酸杆菌含量降低。患有糖尿病的患者，如血糖控制不良，高糖环境会使阴道内适合各种菌群生长，乳酸杆菌难以维持其优势位置，可出现菌群失调的情况。