甲状腺穿刺在临床当中应用越来越广泛，对于诊断甲状腺疾病，以及鉴定甲状腺结节的良性和恶性，起到了至关重要的作用。但是做甲状腺穿刺也有一定的危害和并发症，最常见的包括以下几方面。
首先，容易引起疼痛，由于穿刺检查时是一种有创检查，患者心理上一定有恐惧感，疼痛比较明显，这种情况可以考虑术前或者术后，给予定量的镇痛剂来缓解患者的疼痛，减轻心理压力。
另外，主要问题是容易出血，由于甲状腺组织是比较脆，在盲目穿刺过程当中容易造成刺破组织和重要的血管，轻微出现出血可以通过压迫止血。
对于比较严重的出血也可能导致甚至压迫气管，容易引起窒息的可能。同时做甲状腺穿刺时，有时由于穿刺取材部位受限，或者位置比较深，容易造成假阴性。
这种情况在临床当中也比较多见，因此对于诊断与症状不相符，可以多次进行穿刺检查，避免遗漏甲状腺癌以延误病情。