灌肠退烧可能会损伤肠壁，导致大便次数增多或便秘。灌肠退热的作用是比较确切的，通过此种方法能快速的使体温下降，病毒感染或细菌感染的患者也可通过此种方法进行退热。但是任何的治疗方式对身体来说都可能存在着一定的副作用，如果灌肠操作不当或操作者动作过于粗鲁，对患者的肠壁会造成损伤，从而引起患者出现便血、排便疼痛的情况，甚至可能会导致直肠肛门周围脓肿。另外，患者经常通过灌肠的方法进行退热治疗，对肠道可能存在过度的刺激，会导致患者出现肠道功能紊乱，从而引起大便次数增多或出现便秘的表现。