如果儿童凌晨1-3点咳嗽，可以采用下面的措施来处理。首先，给儿童及时的应用扩张支气管的药物来缓解，因为有些儿童凌晨1-3点咳嗽，是由于患有咳嗽变异性哮喘引起的症状。儿童这个时候往往咳嗽治愈的时间比较长大多超过4周，咳嗽也是干咳、少痰，尤其是白天运动后也会咳嗽加重。
儿童常常也有湿疹、过敏性鼻炎的过敏史，可以及时的应用博利康尼雾化吸入治疗。其次，给儿童应用红霉素来治疗，因为有些儿童的凌晨1-3点咳嗽是由于支原体感染引起，应用红霉素可以起到良好的治疗效果。