在临床上对于先天性心脏病患者而言，给予患者药物治疗的目的在于缓解患者的相关临床症状，改善患者心脏功能，延缓心功能的进行性恶化。与此同时，有些药物的使用可以预防或者治疗心脏的结构重塑。常用的药物包括利尿剂、强心剂、扩血管药物等，比如利尿剂当中的呋塞米，强心药物当中的洋地黄制剂等。某些患者伴有比较明显的肺动脉高压，可以选择西地那非等来降低患者的肺动脉高压。先天性心脏病患者药物治疗只是姑息的一种治疗方式，其最根本的治疗方法还在于通过介入或者手术的方式进行根本的治疗。对于房室间隔缺损的患者，可以通过介入或者手术的方法来进行房室间隔修补或者封堵。部分患者如果没有办法进行介入或者手术治疗，最终可能会考虑对患者进行心脏移植治疗。