苯丙酮尿症的孩子，刚刚出生的时候，基本上是正常的，新生儿时期没有明显的症状，部分患儿可能会出现喂养困难、呕吐、易激惹等非特异性的症状。未经治疗的患儿3-4个月以后逐渐表现出智力发育、运动发育的落后，头发由黑色变为黄色、皮肤发白、全身和尿液有特殊的鼠臭味，这样的孩子相对湿疹是比较严重的。随着孩子的年龄的增加，智力发育落后越来越惨，年长儿拥有60%和孩子出现智能障碍，并伴有轻微的神经系统体征，比如肌张力的增高、腱反射的亢进，小头畸形严重的可能会出现脑性瘫痪，患儿常常在18个月以前，出现婴儿痉挛性的点头一样的发作形式，以及其他形式的癫痫发作，大约有80%的孩子脑电图是异常的，易表现为癫痫样的放电。