扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞，分泌物引流不畅，导致干酪样物积聚，致不易溶解的钙、镁等无机盐沉积而成结石。其核心可为小异物、脱落的上皮细胞或细菌等。在有纤毛菌丝的周围亦常可发生结石。病因有三种：一、细菌感染，食物残渣容易导致细菌，在细菌的作用下，们会慢慢腐烂变硬，形成结石。二、药物因素，高血压药物、止痛药和抗抑郁药等处方药，也可造成扁桃体结石。这是因为这些药物产生的副作用，会使口腔发干，这意味着扁桃体没有充足的唾液，把食物和细菌冲走。当钙化食品、黏液和细菌形成的结块，残留在扁桃体的凹陷处时，就会形成扁桃体结石。三、年龄，成人扁桃体更大，扁桃体表面凹凸不平，随着扁桃体的生长，这些“坑洼”会变得更大，使食物更容易残留在里面，形成结石。临床表现：若结石周围有化脓感染，可有咽痛不适与反射性耳痛，重者感吞咽困难，言语含糊不清，口涎增多，张口困难等。扁桃体结石是微小的，但阻塞扁桃体的腺管，会造成引流不畅，细菌繁殖或食物残渣堆积，产生难闻的臭鸡蛋味口臭，严重影响患者生活质量。扁桃体上出现小白斑，不过有这些小白斑是看不到的。