小肠结肠炎耶尔森菌经口鼻侵入下呼吸道，引发原发性肺炎，大多先进入消化道，引起回肠末端小肠黏膜下淋巴组织集结溃疡形成，肠系膜腺体炎和门脉菌血症，细菌可通过全身进入肺内，尤其是肝硬化病人，容易发败血症，在临床上多发于原发性吸入感染和败血症。早期症状，包括发热、腹痛、腹泻，腹泻为黏液或水样便。此外还伴有咳嗽、气促和肺实变。病史中常有胃肠道症状。动物接触史及进食可疑被污染了食物和水的历史。肝硬化患者可出现肝功能衰竭加重，出现腹水。现在认为致病菌是胃肠道炎症、肺炎、肺脓肿的共同病因，肺部感染常发生于败血症和原发性吸入感染所致。临床表现为咳嗽、气促和肺实变，病史中常伴有胃肠道症状，一般有并发症，容易发生败血症。