关于结肠炎的治疗问题，是一个比较复杂的系统工程，因为结肠炎要分好多类，急性肠炎、慢性肠炎，还有一些特殊的肠炎，像克隆氏病，治疗的办法是不同的。治疗原则，增强机体免疫力，注意饮食，药物治疗，如静脉的、口服的、灌药治疗。
一般的治疗办法就是这些。急性肠炎基本上就是输液治疗，补液就可以了。慢性肠炎治疗起来比较复杂。目前还主要是靠中医中药治疗，口服有益菌，中药灌肠治疗。如果是溃疡性的结肠炎，可能还需要口服美沙拉嗪，同时使用激素。有些特殊的疾病可能还需要手术治疗。
所有疾病治疗一定要根据疾病的性质、疾病的分期，疾病的早期、中晚期和疾病当时的病情，用药和方案都是不同的。