硝酸甘油的不良反应包括引起头痛，头痛可在用药后立即发生，分为剧痛和持续性头痛。偶而会引起眩晕、虚弱、心悸，以及体位性低血压的表现，尤其是在直立、卧位的患者中。治疗剂量也可发生明显的低血压反应，表现为恶心、呕吐、虚弱、出汗、苍白和虚脱，还有部分患者会出现晕厥、面色潮红、药疹和剥脱性皮炎。
另外，在用药时需注意观察，有任何异常的表现需及时就诊，对硝酸酯类过敏者应禁用本药。对于早期心肌梗死、严重贫血、颅内压升高等患者，以及对硝酸甘油高度敏感者，应禁止服用此药。正在服用磷酸二酯酶5抑制剂，如枸橼酸西地那非、他达拉非、盐酸伐地那非的患者应禁用本药，这类药物可增强硝酸甘油的降压作用。在用药时尽量使用最小剂量，达到有效缓解心绞痛发作的治疗目的。过量用药可导致耐药性，本品应舌下含化或颊部给药，而不应吞服。