导致早上醒来肚子疼，主要原因见于以下几点：
1、夜间肚子受凉，夜间腹部保暖措施未做好，胃肠道受凉后期肠道蠕动加快，胃肠道平滑肌痉挛等，导致早上肚子疼，同时会有排便，排便后肚子疼可缓解。
2、消化性溃疡，主要是十二指肠溃疡，其主要特点为空腹时出现中上腹疼痛，进食后或者口服抑制胃酸药物后腹痛可缓解。
3、肠道感染，主要由于前一天晚上进食不洁的食物，导致大量细菌进入胃肠道，导致肠道黏膜的炎性渗出、水肿以及肠道黏膜的损伤，从而导致肠道平滑肌的痉挛，而出现肚子疼的现象。同时会伴有大便次数等增多、大便稀薄、便后腹痛不会减轻等症状。