治疗生殖器疱疹，首选的药物是抗疱疹病毒药物，包括内服的阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦、更昔洛韦等，都能够有效抑制疱疹病毒的复制、扩增，起到治疗作用。可以局部外用抗病毒的药物，比如阿昔洛乳膏、喷昔洛韦乳膏，或者干扰素凝胶等，效果也很不错。
对生殖器疱疹而言，最大的治疗难点就是容易复发，这与病毒在神经节内长期的潜伏，还有机体免疫功能的下降有密切关系，所以对这种情况，有时候可以加入免疫调节剂，比如胸腺肽、转移因子等，有一定的辅助作用。另外平时要注意生活作息、加强锻炼，提高自身的免疫力，这样才能使生殖器疱疹的复发频率降低。