口腔溃疡的病因具体是细菌还是病毒，这个问题没有一致的答案和定论。引起口腔溃疡的原因比较复杂，多种因素可以引起口腔溃疡的发生，而对于感染因素是否会导致口腔溃疡没有定论。发生口腔溃疡的原因有个体差异性，遗传因素、免疫力低下可引起口腔溃疡。
口腔溃疡可能由于咬伤、烫伤所引起，有可能由于口腔内存在着残根、残冠、创伤因素所引起，复发性口腔溃疡的原因就更为复杂，精神状态、焦虑、抑郁可引起口腔溃疡，女性月经期也有可能易发生口腔溃疡。口腔溃疡的发生也有可能与偏食和维生素、微量元素缺乏等相关，所以当口腔内出现口腔溃疡以后，应遵医嘱来进行口腔溃疡的护理。