骶管囊肿如果不进行治疗，一方面，患者囊肿有可能渐行性增加、渐行性增大，从而对于周围的神经根、甚至脊髓的末端以及骶骨等邻近结构形成压迫性冲击。可以造成骨质的吸收，可以造成神经根压迫，引起神经根性的疼痛。
比如腰骶部的疼痛、下肢的疼痛和间歇性波形，以及下肢肌肉的萎缩、受累神经根分布区的感觉过敏、减退或者消失。除此之外，还可能会引起大小便功能障碍，比如便秘、尿频、尿急，排尿困难，以及男性患者往往会发生性功能障碍。