骶管囊肿的具体部病因，目前还不十分明确。有人认为是创伤和炎症的后天性因素造成的，也有人认为是遗传或先天性因素造成的，还有学者认为是由于神经根袖局部扩张所形成的。除此之外，还有不少患者发现骶管囊肿的发生与外伤有一定的关系，所以推测是在外伤的基础上，造成硬脊膜的薄弱，从而形成一个单向性的流通的囊腔，随着脑脊液不断地冲积、压迫，逐渐形成一个比较大的骶管的囊肿，进而引起临床的症状。所以，骶管囊肿，总体来说病因尚不明确，但是绝大多数的医生认为骶管囊肿的患者，一般有比较明确的硬脊膜发育的缺陷，形成一个交通孔，随着脑脊液的不断地冲积，形成一个向外膨出的囊壁，这样形成了骶管囊肿。