唇腭裂有的会遗传，但是，不是所有唇腭裂的人生的孩子都是唇腭裂，唇腭裂的人生的孩子比正常孩子发生唇腭裂的可能性明显增高。正常人群每700-800个人当中有1个是唇腭裂，在家长有唇腭裂的孩子当中，每50个可能出现1个唇腭裂。
唇腭裂除了和遗传因素有关，还和环境因素有关，它的发生是遗传因素和环境因素共同作用的结果，因为机制比较复杂，还没有确定因素，遗传因素和环境因素如何作用也不清楚。环境因素主要有母亲吸烟、饮酒、环境污染、生活习惯不良等有关。