跑步时屁股疼痛可以有以下几种原因：第一、急性的臀部筋膜炎或者大腿后侧的筋膜炎，要进行适当的休息，可以进行消炎止痛药物的治疗，比如塞来昔布、洛索洛芬钠片，也可以进行微波或者远红外线理疗来止痛治疗。第二、肌腱炎，在臀部可以有很多肌肉的附着点，如果在跑步时肌肉长期的受牵拉或者止点急性损伤，就会出现急性的炎症，从而出现屁股的疼痛。第三、腰椎间盘突出，如果患者腰间盘突出比较严重压迫了神经，在跑步时由于下肢的活动导致神经根受到牵拉，从而出现臀部的疼痛。这时要停止运动，进行CT以及核磁检查来进一步确诊和治疗。