肾结石需要输尿管软镜碎石取石，由于输尿管硬镜不能到达肾脏各盏，所以输尿管软镜可以通过前端弯曲的方式，将肾脏上盏、中盏及下盏的结石，通过钬激光碎石将结石打碎。输尿管软镜在做取石、碎石前，需要先做输尿管硬镜。在输尿管硬镜下，可以通过膀胱口置入超滑导丝，在超滑导丝引导下置入输尿管硬镜，观察输尿管有无狭窄、结石。
在检查到达肾盂处时，将输尿管硬镜取出，然后通过超滑导丝置入输尿管软镜镜鞘。置入输尿管软镜镜鞘后，沿输尿管软镜镜鞘置入输尿管软镜，这时候在光源直视下可以看到输尿管软镜进入肾盂，可以观察肾盂上盏、中盏及下盏结石。检查结石，通过钬激光光纤在直视下将结石彻底打碎，用套石篮将结石套出。