化脓性扁桃体炎的鉴别诊断有
一、咽白喉，咽白喉致病菌是白喉杆菌，患者有咽疼症状，咽部可有特征性的灰白色假膜，超出扁桃体范围，不易拭去，另外患者精神萎靡、低热、呈现特殊的全身中毒症状。血常规中可发现白细胞计数一般无变化，咽拭子涂片以及培养可找到白喉杆菌。
二、樊尚式咽颊炎，梭形杆菌及樊尚螺旋体感染引起的亚急性扁桃体炎，患者可表现为咽疼和全身症状，容易与化脓性扁桃体炎混淆，但樊尚式咽颊炎患者常单侧眼疼，全身症状比较轻，它的特点为病变常局限于一侧扁桃体，附有灰白或者黄色的假膜，容易拭去，擦去后可见下面有溃疡，常可累及牙龈。血常规中可发现白细胞计数略有升高，咽拭子涂片可见致病菌。
三、白血病、咽颊炎患者急性期也有体温升高等全身症状，与化脓性扁桃体炎不同的是咽部一般不疼，并且单侧扁桃体肿大，继而表面坏死，并附有灰白色假膜，还可能发生全身性出血和衰竭，血常规中可发现白细胞增多，分类以原始白细胞和幼稚白细胞为主。