尿道感染最常见的感染菌是革兰氏阳性菌和阴性菌，比如大肠杆菌、痢疾杆菌、变形杆菌、沙雷菌、金黄色葡萄球菌以及铜绿假单胞菌等，所有这些常见的细菌感染。最常使用的药物是磷霉素氨丁三醇散，商品名叫复安欣，这个药对所有普通致病菌导致的感染都管用。另外，尿道感染还有特殊的感染，比如性病感染、滴虫性尿道感染需要使用甲硝唑；如果是淋病性尿道炎需要使用头孢曲松、头孢甲肟等等；如果是梅毒导致，需要使用青霉素氨苄。另外还有特殊疾病，比如结核需要使用抗结核药物。